История армии майя только начинает исследоваться учёными. Лучше проанализирован период Нового Царства (X - сер. XVI вв.), когда институт майяской армии получил новый импульс своего развития. В эту эпоху правителями городов отныне становились военачальники, выступавшие одновременно и в роле жрецов. Именно они потеснили на второй план жречество в руководстве государством. 
Главной опорой правителей-военачальников была гвардия из прославленных воинов - членов малоизученных религиозно-военных орденов - "воинов-ягуаров" и "воинов-орлов". Первый был посвящён божествам ночи, и его члены носили костюмы ягуаров, а члены другого, посвящённого солнцу, появлялись в одежде, напоминающей оперенье орла/

Дело в том, что войны играли очень важную роль в майяском обществе. Однако их искусство не досигло высот Старого Света, будучи прервано испанской конкистой. Сами майяские города-государства (прямо как в Древней Греции) постоянно воевали друг с другом. К примеру, между Тикалем и Наранхо шла многолетняя резня (693-698 гг. н.э.), называемая Первой Петенской войной. 
Между тем, войны не были затяжными и больше походили на грабительские набеги, с целью захвата пленных. Участь пленных была плачевная - их часто превращали в рабов, заставляли работать на стройках в городах и на плантациях знати. Их использовали для уничтожения посевов противника, грабежа караванов носильщиков, несущих дань во враждебные города. Это делалось для того чтобы не рисковать своей армией. 
Но земли майя старались захватывать лишь в приграничных зонах. Кстати, захваты городов не приветствовались - сломить сопротивление врага, укрывшегося на пирамидах было почти невозможно. Кроме того, из-за отсутствия тягловых животных военные отряды майя не могли вести длительных боевых действий - их сроки определялись продовольственными запасами, взятыми с собой в заплечных мешках (обычно паёк рассчитывался на 5-7 дней пути). Основной целью войны был подрыв экономики врага, ценной добычей считались предметы роскоши и ценные изделия из нефрита.

Нужно отметить и довольно тёмную сторону технологии повышения дисциплины в майяской армии. Так, перед началом войны майя, как и атцеки, "отправляли к богам посланников" - совершали человеческие жертвоприношения, чтобы походу способствовал успех.
Теперь по порядку о ходе боевых действий. В походах принимали участие профессиональные воины из гарнизона города и гвардии правителя. Но были и хольканы - наёмники. Во главе армии стоял полководец из аристократии. В принципе, верховным главнокомандующим считался сам майяский правитель, но на деле реально командовал военными силами наком. Таким накомом, к примеру, был родственник правителя города Тикаля T'исйах Мош, которого разгромили и взяли в плен в битве с армией города Наранхо при К'ануле в 695 г. н.э. Такой наком обычно выбирался на 3-4 года, в течение которых ему приходилось вести довольно аскетический образ жизни: не вступать в половые отношения и не употреблять мяса.

К сожалению, на протяжении многовековой истории майя их оружие не претерпело значительную эволюцию в сторону усовершенствования. Этому препятствовал низкий уровень развития производительных сил. Поэтому больше совершенствовалось военное искусство, чем оружие.

В бою майя сражались копьями различной длины. Некоторые были больше человеческого роста и напоминали сариссы Александра Македонского. Были и похожие на римские дротики. Имелись тяжёлые деревянные "мечи", с обеих сторон усаженные плотно вделанными обсидиановыми лезвиями с острыми, как бритва, краями.
Позже у майя появились боевые топоры из металла (сплав меди с золотом) и лук со стрелами, заимствованные у атцеков. Защитой рядовых воинов выступали пухлые простёганные ватные панцири. Майяская знать носила доспехи, плетённые из гибких ветвей, и защищалась ивовыми (реже - из панциря черепахи) большими и маленькими щитами круглой либо квадратной формы. Небольшой сравнително щит (размером с кулак!) применялся как ударное оружие. Даже майяский иероглиф таах, как пишет исследователь Я.Н. Нерсесов, переводится как "сбивать кулаком".

Перед битвой воины майя красили волосы в красный цвет в знак готовности умереть, но победить. С целью устрашения врага воины майя надивали одинаковые шлемы в виде морд с разинутыми пастями ягуара, реже каймана. 

Нападение майя обычно проходило внезапно, на рассвете, когда притуплялась бдительность часовых. Воины врывались в сонный лагерь противника с устрашающими криками, сражаясь с леденящей душу жестокостью, как отмечали испанские хронисты.
После победы майя проводили своеобразый, как у римлян, триумф - военачальника, украшенного пышными плюмажами, торжественно вносили в город на плечах. За ним следовали воины с трофейными головами врагов за спиной и музыканты. Удачные сражения увековечивали в изобразительном искусстве.